1996年11月下旬，三峡工程大江截流系统工程启动。

　　1997年1月，国家计委正式批准10亿元人民币三峡债券发行计划，这是三峡总公司第一次采取国内发行债券的形式用以筹措三峡工程建设资金。

　　1997年3月，八届全国人大第五次会议批准设立重庆直辖市。这有利于三峡工程建设和库区移民统一规划、安排和管理。

　　1997年9月中旬，三峡水库淹没区一线水位移民搬迁基本结束。

　　1997年10月1日，亚洲载重量最大的公路大桥－－三峡工程覃家沱大桥建成通车，标志着三峡工程对外交通建设全部完成。

　　1997年10月6日，人工开挖的3.5公里长、可供大型船队航行的三峡工程导流明渠正式通航。

　　1997年10月14日，国务院第63次常务会议通过三峡工程大江截流前验收报告，决定三峡工程于11月8日实施大江截流。这标志着为期5年的一期工程胜利完成，三峡工程转入二期工程建设。

　　1998年1月初，中国长江三峡工程开发总公司根据国家有关工程质量的法令、法规，结合三峡工程建设实际，制定《三峡工程质量管理办法》（试行），并于1998年1月正式执行。

　　1998年1月13日－17日，江泽民总书记视察重庆市及库区移民工作，要求把移民放在大事之首，抓住机遇，埋头苦干。

　　1998年4月21日，三峡永久船闸一期开挖工程通过竣工验收，工程质量合格率达100％，，优良率达82. 6％，总体质量完全达到设计要求。

　　1998年5月1日，临时船闸通航，临时船闸是三峡工程投入运行的第一个包括土建、机电设备工程设计、制造、施工与运行调度的综合性项目。

　　1998年5月5日，被称为二期工程“生命线”的二期围堰防渗墙实现单墙封闭，不仅为二期围堰安全度汛创造了条件，也为实现二期基坑抽水目标赢得了工期。

　　1998年5月14日，由长江水利委员会地球物理勘测研究院提交的《长江三峡水利枢纽一期主体工程建基面弹性波检测工程》通过专家评审验收，其成果报告正式归档，载入了三峡工程建设史册。

　　1998年6月1日，三峡工程二期围堰下游防渗墙宣告全线封闭，共完成防渗墙面积25746平方米。

　　1998年7月，三峡坝区遭遇57700立方米／秒流量的大洪水，坝址水域来水量达到1877年以来历史同期最高值，三峡工程经受住洪水考验，工程主要项目正常施工。

　　1998年10月8日，三峡永久船闸上游引航道靠船墩浇下第一方混凝土，这标志着世界最大的船闸已由开挖阶段转入混凝土浇筑阶段。

　　1998年10月28日，三峡库区秭归新县城举行落成庆典，提前5年完成了县城整体搬迁任务。

　　1998年12月28日－30日，国务院总理朱镕基对三峡工程库、坝区进行了考察，并谆谆告诫全体三峡建设者，三峡工程是“千年大计，国运所系”，质量是三峡工程的生命，质量责任重于泰山。

　　1999年3月12日，由山西长治锻压机床厂制造的国内最大卷板机在三峡工地正式投入使用。该机的顺利投入使用，标志着中国已成为世界上能生产特大卷板机的少数国家之一。

　　1999年4月2日，美国参众两院议员组成的大型访华团一行70人参观三峡工地。中国三峡总公司总经理陆佑楣就三峡工程的防洪、发电、移民、水库泥沙及工程建设等情况回答参众议员的提问。

　　1999年10月3日，三峡工程永久船闸南线五闸首保护层最后一方石碴被运往碴场，至此，由武警水电部队第四支队担负的永久船闸南线开挖全线告捷，这标志着永久船闸主体开挖工程圆满结束。

　　1999年12月31日，三峡工程全年完成混凝土浇筑458.52万立方米，超额完成年浇筑448万立方米混凝土的计划，远远超过巴西伊泰普创下的年浇筑混凝土320万立方米的记录。

　　2000年1月24日，三峡工程左岸电站厂房首台机组基础环在一号机安装就位，标志着三峡左岸电站厂房施工由土建施工为主转入土建与机组埋件安装并举阶段。

　　2000年7月17日，150户639名重庆市云阳县农村移民外迁到上海市崇明县落户。这是由政府组织的首批外迁移民。

　　2001年1月5日，“长江三峡工程淹没区及迁建区文物古迹保护规划报告”正式通过审查。

　　2001年2月15日，朱镕基总理主持国务院第35次常务会议，审议并原则通过《长江三峡工程建设移民条例（ 修订草案）》，这是对1993年的条例进行的修订。《条例》结合一期移民工作实践，对移民迁建和管理的一些政策和原则进行了必要的修改、补充和完善。《条例》自2001年3月1日起实施。

　　2001年8月24日，由美国国会参议院情报特别委员会副主任理查得·谢尔比率领的美国参议院代表团访问三峡工程。在观看工程展览和施工现场后，谢尔比说：“三峡工程是全中国人民的希望，工程建设者担负着很大的责任。如此伟大的工程让人振奋。”

　　2001年8月30日，由中国社会科学院和国务院三峡建设委员会移民局承担的《中国三峡移民人权保障实证研究》在北京正式启动。

　　2001年11月7日，三峡工程永久性船闸首扇反弧门在闸首中南竖井内安装成功。

　　2002年1月13日，经过9年建设，三峡工程大坝已经达到2003年蓄水发电所需的坝高，三峡大坝迎水面高程已经全线达到140米海拔高程以上，大坝高度已具备挡水要求。

　　2002年3月17日，三峡工程首台发电机组转轮吊装成功。转轮的顺利安装为三峡工程在2003年实现首批机组发电创造了条件。

　　2002年5月1日，三峡工程成功地实施了对上游围堰的爆破。1997年大江截流形成的上游围堰完成了历史使命，滚滚长江水直接进入三峡大坝基坑。

　　2002年9月1日，三峡工程永久船闸开始进行有水调试。永久船闸按年单向5000万吨和通过万吨级船队要求设计。过往永久船闸的船舶包括万吨级船队，每次过闸的时间大约需要2小时35分钟。根据三峡工程建设计划，船闸将于2 003年6月通航。

　　2002年9月1日，国务院下达的三峡库区12万二期外迁移民任务全面完成，135米水位下的清库工作接近尾声。

　　2002年10月21日，三峡大坝最关键的泄洪坝段已经全部建成，全线达到海拔185米大坝设计高程。

　　2002年10月25日，国务院召开长江三峡二期工程验收委员会全体会议，同意枢纽工程验收组关于在2002 年11月份实施导流明渠截流的意见。

　　2002年10月26日，全长1.6公里的三峡二期大坝全线封顶，整段大坝都已升高到海拔185米设计坝顶高程。

　　2002年10月29日，朱镕基总理主持国务院三峡工程建设委员会第11次会议，同意国务院三峡二期工程验收委员会的意见，决定在11月6日进行导流明渠截流合龙。次日，三峡工程开发总公司宣布了国务院三建委的决定。（杨兴国、张先国、詹国强）